Теории конформации активного центра

Активаторы и ингибиторы ферментов

Теории конформации активного центра

Регуляция активности ферментов может осуществляться путём взаимодействия ферментов с различными биологическими компонентами или чужеродными соединениями, которые называются регуляторами ферментов. Они могут либо ускорять, либо замедлять ферментативную реакцию.

– это вещества, увеличивающие скорость ферментативной реакции.  Виды активаторов:  1. Вещества, влияющие на область активного центра. К ним относятся ионы металлов (Na+, K+, Fe2+, Co2+, Cu2+, Ca2+, Zn2+, Mg2+, Mn2+ и др.). В ряде случаев ионы металлов выполняют функцию кофактора фермента.

В других случаях они способствуют присоединению субстрата к активному центру фермента. Ионы металлов оказываются активаторами только в условиях дефицита их в организме.  2. Аллостерические эффекторы, которые связываются с аллостерическим (регуляторным) участком апофермента.

Это связывание вызывает конформационные изменения в молекуле белка, приводящие к изменению структуры активного центра, что сказывается на связывании и превращении субстрата в активном центре. При этом активность фермента либо увеличивается (это аллостерические активаторы), либо уменьшается (это аллостерические ингибиторы).

Аллостерическими эффекторами ферментов наиболее часто выступают различные метаболиты, а также гормоны, ионы металлов, нуклеозиды – АТФ, АДФ, АМФ.  3. Вещества, вызывающие модификации, не затрагивающие активный центр фермента.

Возможно несколько вариантов таких модификаций:  – активация путём присоединения специфической модифицирующей группы к молекуле фермента.  Отрицательно заряженные фосфатные группы могут разрывать слабые водородные и ионные связи в третичной структуре белка-фермента и влиять на конформационное состояние его активного центра.

В зависимости от природы фермента фосфорилирование может его активировать или, наоборот, инактивировать. Реакции присоединения фосфатной группы катализируют ферменты протеинкиназы, а отщепления – фосфатазы. Активность этих ферментов в свою очередь находится под контролем гормональной системы.

  – активация путём перехода неактивного предшественника – профермента в активный фермент за счёт частичного протеолиза.  Некоторые ферменты синтезируются в клетке первоначально неактивными и после секреции из клетки переходят в активную форму. Неактивные предшественники называются проферменты (зимогены).

[attention type=yellow]

Под действием активатора происходит частичный гидролиз профермента с отщеплением от него неактивного пептида, в результате чего открывается активный центр. Так происходит активация ферментов желудочно-кишечного тракта, переваривающих белки пищи. Например, фермент пепсиноген, синтезированный в клетках желудка, затем в просвете желудка под действием соляной кислоты превращается в активный пепсин путём удаления неактивного участка полипептидной цепи: 

[/attention]

– активатор вызывает диссоциацию субъединиц фермента, имеющего четвертичную структуру (отщепление одной из субъединиц фермента). 

Ингибиторы ферментов

Ингибиторами называют вещества, вызывающие снижение активности фермента. Следует различать инактивацию и ингибирование фермента.

Сам по себе факт торможения ферментативной реакции в присутствии какого-либо вещества ещё не говорит о том, что это вещество – ингибитор. Любые денатурирующие агенты вызывают инактивацию фермента и торможение ферментативной реакции.

Ингибиторы, в отличие от денатурирующих агентов, действуют в малых концентрациях и вызывают специфическое снижение ферментативной активности. 

По прочности связывания с ферментом ингибиторы делятся на обратимые и необратимые. Необратимые ингибиторы прочно связываются с ферментом, тогда как комплекс фермент – обратимый ингибитор непрочен. Если сильно разбавить раствор фермента с обратимым ингибитором, то их комплекс распадается и активность фермента восстанавливается. 

Механизмы действия ингибиторов ферментов

По механизму действия ингибиторы делятся на конкурентные и неконкурентные.

Конкурентные ингибиторы имеют структурное сходство с молекулой субстрата, что позволяет им занять место субстрата в активном центре фермента: 

E + S + I → EI + S 

Встраиваясь вместо субстрата в активный центр, такой ингибитор не даёт ферментативной реакции осуществиться. То есть, субстрат конкурирует с ингибитором за активный центр. С активным центром связывается то соединение, молекул которого больше. Снять конкурентное ингибирование можно, увеличив концентрацию субстрата. 

На принципе конкурентного ингибирования основано действие многих фармакологических препаратов (например, сульфаниламидных), инсектицидов, фосфорорганических боевых отравляющих веществ (зарин, зоман). 

Неконкурентные ингибиторы не имеют структурного сходства с субстратами. Они или связываются с каталитическими группами активного центра фермента, или, связываясь с ферментом вне активного центра, изменяют конформацию активного центра таким образом, что это препятствует превращению субстрата. Поскольку неконкурентный ингибитор не влияет на связывание субстрата, то в отличие от конкурентного ингибирования наблюдается образование тройного комплекса: 

E + S + I → ESI 

К неконкурентным ингибиторам относятся ионы тяжёлых металлов: ртути, свинца, кадмия, мышьяка. Они блокируют SH-группы, входящие в каталитический участок фермента.

[attention type=red]

Снять действие неконкурентного ингибитора избытком субстрата, как при конкурентном ингибировании, нельзя, а можно лишь веществами, связывающими ингибитор (реактиваторами).

[/attention]

Тяжелые металлы лишь в небольших концентрациях играют роль ингибиторов, в больших концентрациях они действуют как денатурирующие агенты.

Наиболее важными неконкурентными ингибиторами являются образующиеся в живой клетке промежуточные продукты метаболизма, способные обратимо связываться с аллостерическими участками фермента – аллостерические ингибиторы.

Они занимают ключевое положение в метаболизме, поскольку тонко реагируют на изменения в обмене веществ и регулируют прохождение веществ по целой системе ферментов.

Например, аллостерическая регуляция проявляется в виде ингибирования конечным продуктом первого фермента цепи. Эта регуляция сходна с регуляцией по механизму обратной связи и позволяет контролировать выход конечного продукта, в случае накопления которого прекращается работа первого фермента цепи 

  Никита Журавлев   :  143

Может быть интересно

Источник: http://medicine-simply.ru/just-medicine/aktivatory-i-ingibitory-fermentov

Активный центр фермента: структура, свойства. Кто открыл активный центр фермента? Что называется активным центром фермента?

Теории конформации активного центра

Все мы слышали о ферментах, но вряд ли каждый из нас досконально знает, как именно устроены эти вещества и зачем они нужны. Эта статья поможет разобраться в структуре и функциях ферментов (энзимов) в целом и их активных центров в частности.

История исследований

В 1833 году французский химик Ансельм Пайен выявил и описал свойства фермента амилазы.

Несколько лет спустя Луи Пастер, изучая превращение сахара в спирт при участии дрожжей, предположил, что этот процесс происходит за счет химических веществ, входящих в состав дрожжей.

В конце XIX века Физиолог Вилли Кюне впервые ввел в употребление термин “энзим”.

[attention type=green]

Немец Эдуард Бухнер в 1897 году выделил и описал зимазу – ферментативный комплекс, который катализирует реакцию превращения сахарозы в этиловый спирт. В природе зимаза в большом количестве содержится в дрожжах.

[/attention]

Точно неизвестно, когда и кто открыл активный центр фермента. Это открытие приписывают лауреату Нобелевской премии химику Эдаурду Бухнеру, американскому биологу Джеймсу Самнеру и другим известным ученым, работавшим над изучением ферментативного катализа.

Общие сведения о ферментах

Напомним, что ферменты – вещества белковой природы, которые выполняют в живых организмах функции катализаторов химических реакций. В ферменте есть участки, которые непосредственно не принимают в этом участия, протекание реакции обеспечивает активный центр фермента.

Приведем некоторые свойства ферментов:

1) Эффективность. Небольшого количества катализатора достаточно, чтобы ускорить химическую реакцию в 106 раз.

2) Специфичность. Один фермент не универсальный катализатор любой реакции в клетке.

Для ферментов выражена специфичность действия: каждый фермент катализирует только одну или же несколько реакций с похожими субстратами (исходными реагентами), но для реагентов другой химической природы этот же фермент может быть бесполезен. Взаимодействие с подходящими субстратами и дальнейшее ускорение реакции обеспечивает активный центр фермента.

3) Переменная активность. Активность ферментов в клетке постоянно меняется от низкой до высокой.

4) Концентрация некоторых ферментов в клетке не постоянна и может изменяться в зависимости от внешних условий. Такие ферменты в биологии называют индуцибельными.

По своей структуре ферменты принято делить на простые и сложные. Простые состоят исключительно из аминокислотных остатков, сложные имеют в составе вещества небелковую группу. Сложные называют коферментами.

По типу катализируемых реакций ферменты делятся на:

1) Оксидоредуктазы (катализируют окислительно-восстановительные реакции).

2) Трансферазы (переносят отдельные группы атомов).

3) Лиазы (расщепляют химические связи).

4) Липазы (образуют связи в реакциях за счет энергии АТФ).

5) Изомеразы (учувствуют в реакциях взаимного превращения изомеров).

6) Гидролазы (катализируют химические реакции с гидролитическим расщеплением связей).

Структура фермента

Фермент – сложная трехмерная структура, в состав которой входят в основном аминокислотные остатки. Также есть простетическая группа – компонент небелковой природы, связанный с аминокислотными остатками.

Ферменты – в основном глобулярные белки, которые могут объединяться в сложные комплексы.

Как и другие вещества белковой природы, ферменты денатурируют при повышении температуры или под воздействием некоторых химических реактивов.

[attention type=yellow]

Во время денатурации изменяется третичная структура фермента и, соответственно, свойства активного центра ферментов. В результате активность энзима резко уменьшается.

[/attention]

Катализируемый субстрат обычно значительно меньше самого фермента. Самый простой энзим состоит из шестидесяти аминокислотных остатков, а его активный центр – всего из двух.

Существуют ферменты, каталитический участок которых представлен не аминокислотами, а простетической группой органического или (чаще) неорганического происхождения – кофактором.

Понятие об активном центре

Лишь небольшой участок фермента принимает непосредственное участие в химических реакциях. Эта часть фермента и называется активным центром.

Активный центр фермента – это липид, несколько аминокислотных остатков или простетическая группа, которая связывается с субстратом и катализирует реакцию.

Аминокислотные остатки активного центра могут принадлежать любым аминокислотам – полярным, неполярным, заряженным, ароматическим, незаряженным.

Активный центр фермента (это липид, аминокислоты или другие вещества, способные взаимодействовать с реагентами) – самая важная часть фермента, без него эти вещества были бы бесполезны.

Обычно молекула фермента имеет только один активный центр, связывающийся с одним или несколькими схожими реагентами. Аминокислотные остатки активного центра формируют водородные, гидрофобные или ковалентные связи, образуя энзим-субстратный комплекс.

Структура активного центра

Активный центр простых и сложных ферментов представляет собой карман или щель. Эта структура активного центра фермента должна электростатически и геометрически соответствовать субстрату, так как изменение третичной структуры фермента может изменить активный центр.

Связывающий и каталитический центр – участки активного центра фермента. Очевидно, что связывающий центр “проверяет” субстрат на совместимость и связывается с ним, а каталитический центр принимает непосредственное участие в реакции.

Связывание активного центра с субстратом

Для того чтобы пояснить, как же активный центр фермента связывается с тем или иным реагентом, было предложено несколько теорий.

Самая популярная из них – теория Фишера, она же теория “замка и ключа”. Фишер предположил, что существует фермент, идеально подходящий каждому субстрату по своим физико-химическим свойствам.

После образования энзим-субстратного комплекса никаких модификаций не происходит.

Другой американский ученый – Дэниел Кошланд – дополнил теорию Фишера предположением о том, что активный центр фермента может менять свою конформацию до тех пор, пока не подойдет определенному субстрату.

Кинетика ферментативных реакций

Особенности протекания ферментативных реакций изучает отдельная отрасль биохимии – ферментативная кинетика. Эта наука изучает особенности протекания реакций при различных концентрациях ферментов и субстратов, зависимость скорости реакции от температуры внутри клетки, а также свойства активного центра ферментов в зависимости от изменения физических и химических параметров среды.

Ферментативная кинетика оперирует такими понятиями, как скорость реакции, энергия активации, активационный барьер, молекулярная активность, удельная активность и др. Рассмотрим некоторые из этих понятий.

Чтобы произошла биологическая реакция, реагентам необходимо передать некоторую энергию. Эта энергия называется энергией активации.

[attention type=red]

Добавление фермента к реагентам позволяет снизить энергию активации. Некоторые вещества на реагируют без участия энзимов, так как энергия активации слишком высока. Равновесие реакции при добавлении фермента не сдвигается.

[/attention]

Скорость реакции – количество продукта реакции, появившееся или исчезнувшее в единицу времени.

Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата характеризует безразмерная физическая величина – константа Михаэлиса.

Молекулярная активность – количество молекул субстрата, преобразованных одной молекулой фермента в единицу времени.

Источник: https://FB.ru/article/295727/aktivnyiy-tsentr-fermenta-struktura-svoystva-kto-otkryil-aktivnyiy-tsentr-fermenta-chto-nazyivaetsya-aktivnyim-tsentrom-fermenta

Сам себе врач
Добавить комментарий

;-) :| :x :twisted: :smile: :shock: :sad: :roll: :razz: :oops: :o :mrgreen: :lol: :idea: :grin: :evil: :cry: :cool: :arrow: :???: :?: :!: